El visitante puede igualmente acceder al pasillo del descubrimiento, que abarca desde la llegada a la región de los europeos, la colonización y la investigación. Contando con un sector histórico, que empieza con la Misión Jesuítica de Natividad del Acaray que estuvo asentada en la zona de Hernandarias. El museo también cuenta con el área científica y tecnológica, con juegos didácticos e interactivos, donde los niños podrán poner a prueba los conocimientos que adquirieron durante el recorrido por el museo.