Su nombre proviene de la Sierra de Mbarakaju, frontera entre Paraguay y Brasil.

Es un Refugio Binacional creado en 1984 como parte del Sistema de Unidades de Conservación de la ITAIPU Binacional. En el momento de la creación del refugio, el ambiente natural estaba significativamente alterado; pasturas implantadas reemplazaban a los bosques originales. Sin embargo, fueron conservados importantes humedales y se realizaban esfuerzos de reforestación con resultados exitosos.

El área protege especies vegetales en peligro como el jatevu ka'a (Peperomia cyclophylla), la cola caballo (Esquisetum giganteum) y el arary (Calophyllum brasiliense).

Se han clasificado:

• 29 especies distintas de mamíferos, 246 especies de aves y 15 especies de reptiles

En este Refugio se han registrado 3 nuevas especies de aves para el Paraguay: El añuma (Anhima cornuta), el ypekune'i (Picumnus albosquamatus) y el chovy estero (Schistochlamys metanopis).