Fue creado en el año 2008 como parte del Sistema de Unidades de Conservación de la ITAIPU Binacional. Debe su nombre al Arroyo Pikyry que se encuentra ubicado al limite norte del Refugio.

El bosque alto es el elemento principal del paisaje, encontrándose también bosques bajos, humedales arroyos y nacientes. Sobresalen especies como cedro (Cedrela fissilis), incienso (Myrocarpus frondosus), laurel hũ (Nectandra megapotamica) taju hũ (Handroanthus heptaphyllus) y guatambu (Balfourodendron riedelianum); que históricamente han sido intensamente extraídos por el alto valor de sus maderas.

En el suelo del bosque, entre el humus y la hojarasca se destaca la presencia de la orquídea Aspidogyne kuczynskii, considerada en peligro de extinción debido a la extracción de su ambiente natural con fines medicinales.

Se han clasificado:

• 30 especies distintas de mamíferos, 199 especies de aves y 14 de reptiles.

El BAAPA es una ecorregión que alberga una riqueza faunistica única, muchos de los cuales se encuentran con algún grado de amenaza. La diversidad de especies de fauna dentro del refugio se destaca por la presencia de vistosos tucanes, entre ellos el Arasari pakova (Selenidera maculirostris), felinos pequeños (Leopardus tigrinus) ypequeños roedores Aguti paca (Dasyprocta azarae)